"Бородинская библиотека" - библиотека Бородинской биологической станции (ныне Кончезерской), созданной русским ботаником И. П. Бородиным, содержит книги, брошюры, журналы по тематике станции на русском, немецком и французском языках (950 ед.).;

Библиотека А. В. Предтеченского, историка, профессора ЛГУ (1893-1966) - издания по истории России первой половины XIX века (935 ед.). Книги помечены в каталоге буквой "П" перед шифром.

Библиотека сатиры и юмора В. М. Морозова - ученого-филолога, доцента Карельского государственного педагогического института (более 600 ед.). Выделена из распределенной по фондам "Морозовской библиотеки";

Библиотека Историко-литературного клуба (БИЛК) - независимая библиотека, существовавшая в Петрозаводске в 1988-1994 гг. при общественном объединении Историко-литературный клуб. Содержит самиздат, тамиздат и независимые издания различной тематики (более 300 экз. книг и около 500 наименований журналов и газет (всего ок. 2400 экз.). Коллекция выделена в отдельное хранение и помечена в каталоге буквой "И" перед шифром.
Каталог периодических изданий разделен на 3 части:

Самиздат и независимая пресса,

Периодика Русского зарубежья ("Тамиздат"),

Издания официальные и коммерческие.

Из архива Историко-литературного клуба

"Лагерная библиотека" - книги и журналы из библиотек ГУЛАГа: Соловецких лагерей (СЛОН), Беломоро-Балтийского комбината (ББК) и некоторых других. (177 ед.);

"Библиотека анекдотов" - была собрана в начале 1990-х годов А. В. Вознесенским, доктором филологических наук, заведующим сектором старопечатных книг Российской национальной библиотеки (РНБ). Состоит в основном из брошюр, газет и листового материала.;

Коллекция перемещенных книг составляет 330 единиц. В нее вошли 55 экземпляров из Германии, 30 - из Польши, Западной Украины и Прибалтики и 245 книг с бывших территорий Финляндии, в основном это Выборг и Сортавала.

Коллекции, не выделенные в отдельное хранение:

Библиотека В. П. Ершова. Приобретена в 2003 г. у доцента кафедры философии Карельского государственного педагогического университета В. П. Ершова, состав: 4 рукописных и 59 печатных книг, большая их часть - на церковнославянском языке. Самая ранняя рукопись - Псалтирь с восследованием (XVIв.), печатная книга - 1632 г. ;

Библиотека А. А. Гавриленко. Универсальная по содержанию библиофильская коллекция книг и журналов, принадлежавшая зоологу, профессору биологического факультета ЛГУ Анатолию Александровичу Гавриленко (1883-1942). Насчитывает 906 экз.

Библиотека В. М. Морозова (1910-1983), филолога, преподававшего в Петрозаводском университете и Карельском государственном педагогическом институте, включает в себя ок. 4 тыс. томов (филология, художественная литература, искусство и др.).